جریان آقای قطب‌زاده در اطلاعات سپاه پیگیری می‌شد و دادگاه انقلاب ارتش، به دلیل این‌که موضوع آن براندازی بود و با تعدادی از نظامیان نیز به گونه‌ای ارتباط داشت، احکام مورد نیاز اطلاعات سپاه برای پیگیری، این موضوع را در اختیار آنان قرار می‌داد. در پی تعقیب و مراقبت از آقای قطب‌زاده و فعالیت‌های اطلاعاتی ـ که حدود یک‌سال و نیم طول کشیدـ مشخص شد که وی درصدد ایجاد یک جریان براندازی است و برای این منظور ارتباطاتی را در داخل و خارج آغاز کرده است.
بر اساس آنچه از طریق فعالیت‌های اطلاعاتی به‌دست آمده بود و اظهارات آقای قطب‌زاده پس از دستگیری که آن را تأیید کرد، وی به این نتیجه رسیده بود که جمهوری اسلامی از مسیر خود منحرف شده و برای بازگرداندن آن به مسیر اصلی، راهی جز برخورد نظامی وجود ندارد.
البته ایشان در بازجویی، حرکت خود را براندازی نظام جمهوری اسلامی نمی‌داند و می‌نویسد: «این‌جانب هرگز نخواستم که نظام جمهوری اسلامی را براندازم... اصلاً مسئله براندازی نظام جمهوری اسلامی مطرح نبوده بلکه به‌نظر من به‌عکس بوده، یعنی نجات انقلاب و جمهوری اسلامی ایران از دست کسانی که به‌نظر این‌جانب صلاحیت حکومت کردن ندارند».
هدفی که آقای قطب‌زاده برای حرکت خود ذکر کرده دقیقاً همان هدفی است که کودتاگران نوژه حدود دو سال پیش از ایشان مطرح کرده بودند، با این تفاوت که آنان تصریح می‌کردند: «... ما جهت نجات این انقلاب از دست [امام] خمینی، شروع به عملیات سیاسی نموده‌ایم...»
خاطره‌ای از بازجویی آقای قطب‌زاده
پس از بازداشت آقای قطب‌زاده، به من اطلاع دادند که ایشان برای بازجویی حاضر نیست و در ارتباط با اتهام خود مطلقاً صحبت نمی‌کند. من به زندان رفتم و با وی صحبت کردم. اکنون به یاد ندارم که دقیقاً چه گفتم؟ آنچه یاد دارم این است که حدود 45 دقیقه او را نصیحت کردم و ضمناً گفتم: «ما می‌دانیم شما چه می‌خواستید بکنید، سخن ما با شما برای آن است که نقشه خود را برای ملت بگویید.»
پس از شنیدن سخنان من، گفت: «یک قرآن بیاورید!» قرآن آوردند. با قرآن استخاره کرد و پس از آن گفت: «خیلی خوب، اکنون آماده‌ام حرف‌هایم را در مصاحبه تلویزیونی بگویم، اما به‌شرط این‌که مرا فوراً یا اعدام کنید یا عفوم کنید. چون بعد از این من دیگر مرده‌ام.»
بدین سان وی آنچه مربوط به اتهامات او می‌شد را بازگو کرد. پس از آن مصاحبه‌ای با ایشان ترتیب دادم که فیلم ویدئویی آن برای حضرت امام (رضوان‌الله تعالی علیه) ارسال گردید و از سیما پخش شد.